Разница:
1. I took out the key when I came to the door - ключ находится, например, в кармане. Чтобы достать ключ, не требуется обязательного завершения действия выраженного глаголом “come”.
2. I took out the key when I had come to the door - ключ находится у двери, например, под ковриком у двери, в ящике на двери или тайнике у двери и т.п. Чтобы достать ключ, требуется обязательно подойти к двери, требуется обязательное завершение действия выраженного глаголом “come”.
Для себя я уяснил так: если дверь используется по прямому назначению - открыть ключом и зайти в помещение, то Simple; если дверь используется “не по прямому” назначению - дверь нужна, в первую очередь, как место, где хранится ключ, то Perfect.

Поясняющие рисунки:

Еще одна пара на сравнение:

I understood that when I saw the film.
I understood that when I had seen the film.